Hàng năm, cứ vào vụ chính của nghề đánh bắt cá, những mẻ cá cơm Phú Quốc ngon nhất được phân loại để ủ chượp riêng, tạo ra dòng nước mắm thượng hạng, có độ đạm cao. Trải qua quy trình ủ chượp, nước mắm cốt rút ra từ lượt đầu tiên, tiếp tục được chiết xuất vào chum sành, đậy kín và cho hạ thổ trong lòng đất. Có người cho rằng, để không quên nơi hạ thổ, người ta thường cắm một khúc cây nhú lên mặt đất làm dấu. Rồi qua lâu ngày, người ta gọi trại ra là “lú” thay vì “nhú”. Cũng có người nói, sau bao năm chôn cất, khi muốn tìm lại vị trí, người ta bỗng “lú la lú lẫn”. Tên gọi Nước Mắm Lú được ra đời như vậy.